Célestine Babayaro a fait sa première apparition avec le maillot d'Anderlecht en 1994, alors qu'il avait débuté sa carrière dans son pays natal au Plateau United. Le jeune talent s'est également distingué aux Jeux Olympiques à Atlanta en 1996. Cette année-là, il remporta notamment le Soulier d'Ebène. En plus de ses talents de footballeur, tout le monde se souvient des séries de saltos qu'il effectuait après avoir inscrit un but. En 75 rencontres, cet excellent défenseur a marqué 8 fois pour Anderlecht.

Le jeune Nigérian est vite devenu une valeur sûre à Anderlecht, ce qui lui valut d'être transféré au grand Chelsea FC en 1997. Le club anglais avait déboursé 2.25 millions de livres à l'époque. Avec Chelsea, il a remporté la FA Cup et la Charity Shield en 2000, et il se retrouva à nouveau en finale de la FA Cup en 2002. Lors de sa période chez les Blues, il devait composer avec la concurrence de Graeme Le Saux, mais disputa néanmoins plus de 200 rencontres.

Depuis qu'Abramovic est devenu président, Babayaro n'a presque plus joué pour le club londonien. Libre de transfert, il partit alors pour Newcastle. En 2003, Babayaro mettait un terme à sa carrière internationale. Il a joué sa dernière Coupe du Monde avec le Nigéria en 2002. Son comeback lors de la Coupe d'Afrique des Nations en 2004 fut un échec. Babayaro est revenu en Belgique en 2007 pour y affronter Zulte-Waregem avec Newcastle en Coupe d'Europe.