Babayaro erschien 1994 zum erste Mal in der Mannschaft von Anderlecht, nachdem er seine Karriere in seinem Heimatland bei Plateau United begonnen hatte. Der junge Verteidiger hatte sich bei den Olympischen Sommerspielen 1996 in Atlanta auf sich aufmerksam gemacht, woran auch sein Bruder teilnahm. In dem Jahr gewann er auch den „Ebenholz Schuh“. Neben seines Fußballtalentes, werden sich viele bestimmt auch an seine beeindruckenden Saltos nach einem Tor erinnern. In 75 Spielen, erzielte er als Verteidiger 8 Tor für den RSC Anderlecht.

Der Nigerianer entpuppte sich schnell zum Leistungsträger van Anderlecht und das führte 1997 zu einem Transfer nach Chelsea. Der englische Verein bezahlte £2,25 Millionen. Mit Chelsea gewann er den FA Cup, die Charity Shield im Jahre 2000 und erreichte 2002 noch einmal das Finale des FC Cups. Er hatte in seiner Zeit mit Graeme Le Saux einen starken Konkurrent bei Chelsea, aber absolvierte dennoch mehr als 200 Begegnungen.

Seit Abramovic Präsident wurde, spielte Babayaro nur noch selten beim Verein aus London. Deswegen zog er spatter transferfrei nach Newcastle. 2003 beendete Babayaro seine internationale Karriere. Er spielte 2002 seine letzte WM mit Nigeria. Sein Comeback im Afrika-Cup 2004 scheiterte. Im Jahre 2007 kam Babayaro noch einmal nach Belgien, als er mit Newcastle im UEFA-Pokal gegen Zulte Waregem spielte.