Marc Emmers begann seine Fußballkarriere bei der Jugend von VV Hamont. Später wechselte er nach Thor Waterschei. Sein Debüt in der ersten Division feierte er dann in der Saison 1983-1984.

Nach dem Abstieg von Waterschei, zog Marc zum KV Mechelen, dem absoluten Topclub von Belgien (und Europa) in den 80er Jahren. In seinem ersten Jahr bei Mechelen gewann er den Pokal der Pokalsieger und ein Jahr später wurde er mit dem KV Mechelen Belgischer Meister. 1989 wurde er zum Profifußballer des Jahres gewählt.

Anfang der 90er Jahre zogen viele Spieler von Mechelen zum großen RSC Anderlecht, aber letztenendlich dauerte es bis 1992, bevor Emmers nach Brüssel wechselte. Bei Anderlecht wurde er, in einer Mannschaft mit unter anderem Bosman, Rutjes und Boffin, 3 Mal in Folge Meister. 1994 kam da auch noch ein belgischer Pokalsieg hinzu.

Während der Saison 1995-1996 ging es bergab mit Emmers. Er kam nicht mehr oft zum Einsatz und auch ein Jahr später lief es nicht viel besser. Deswegen zog er 1997 zum AC Perugia. Es sollte jedoch nur ein kurzer Zwischenstopp sein, denn Emmers beendete 1999 seine Laufbahn beim FC Lugano.

Insgesamt spielte er auch 37 Mal für die Roten Teufel und erzielte zwei Treffer.